Sob o comando do Marechal Conde D’Eu na Campanha da Cordilheira, João Manuel foi ferido mortalmente e faleceu em 12 de agosto de 1869. Lutava na vanguarda, como era de seu feitio, e já conquistara vários troféus de guerra, como bandeiras e armas do inimigo. A morte do coronel provocou a degola do tenente-coronel paraguaio Pedro Pablo Caballero por soldados do exército brasileiro que ficaram revoltados com a morte do comandante.
Segundo o jornalista e militar paraguaio Juan Crisóstomo Centurión, ao saberem da morte de Mena Barreto, a “soldadesca”, “después de la toma de la Plaza, a pesar de los esfuerzos de los jefes, cometió muchos abusos, matando, o más bien asesinando, [...] a muchas gentes indefensas inútilmente”. Portanto, Centurión isenta portanto parcialmente a oficialidade imperial de responsabilidade no massacre, realizado pela tropa indignada com a morte de Mana Barreto.
Dias depois o Conde D'Eu em carta a seu sogro Dom Pedro II, alegou que a execução dos prisioneiros paraguaios ocorreu sem deu conhecimento: " Caballero e seus soldados tinham entregado as espadas aos ajudantes de campo, e assim mesmo os mataram a sangue-frio; a pretexto de vingar a morte de João Manuel Mena Barreto, e os enterraram depressa, para eu não ver! Só mais tarde é que eu soube do ocorrido" Fonte:Guerra do Paraguai: memórias & imagens. Por Ricrado Salles 2003
